La prévalence estimée des maladies rénales chroniques est actuellement estimée à 8-10% de la population française, avec un nombre total de patients dialysés et greffés en forte augmentation (+25%) sur la période 2012-2020 ¹². En France, l’utilisation du péritoine comme membrane de dialyse pour le traitement de ces patients date des années 1950 avec la mise en place de la dialyse péritonéale intermittente (DPI), suivie à la fin des années 1970 par la dialyse péritonéale continue ambulatoire (DPCA), puis enfin de la dialyse péritonéale automatisée (DPA) dans les années 1980. L’utilisation de la DPA ou de la DPCA facilite l’autonomie des patients et constitue une alternative à l’hémodialyse ³. Une des principales complications de ces techniques est d’origine infectieuse, et les péritonites sont la cause la plus fréquente d’arrêt de la dialyse péritonéale, associées à une morbi-mortalité importante⁴. Néanmoins, si la fréquence de ces péritonites était de l’ordre d’un épisode tous les 2 à 3 mois au début des années 1980, il est à ce jour de l’ordre d’un épisode tous les 2 à 5 ans ⁵. Les prévalences de ces infections et les bactéries qui y sont associées varient grandement entre les centres de prise en charge, y compris dans un même pays, rendant les comparaisons entre ceux-ci difficilement interprétables ⁶⁷⁸. La base de données du Registre de Dialyse Péritonéale de Langue Française (RDPLF) regroupe les données de patients traités par dialyse péritonéale à domicile depuis 1976, dans plusieurs pays francophones. Au cours des cinq dernières décennies, d’importantes évolutions techniques ont été réalisées, concernant la dialyse péritonéale et les matériels associés d’une part, et les analyses microbiologiques d’autre part. Nous présentons ici les changements microbiologiques observés dans les péritonites associées à la dialyse péritonéale des années 80 à aujourd’hui, au travers de plus de 20 000 patients et à la lumière de ces avancées technologiques.

Il s’agit d’une étude rétrospective multicentrique basée sur les données du RDPLF. L’exhaustivité du RDPLF, en prenant comme référence le registre REIN géré par l’Agence de Biomédecine en France, est estimée actuellement supérieure à 90 % de l’ensemble des patients traités par dialyse péritonéale en France.

Nous avons extrait de la base de données du RDPLF toutes les péritonites liées à la dialyse péritonéale et enregistrées entre juillet 1978 et février 2023. Seules les données provenant des centres de France métropolitaine ont été extraites.

Les péritonites sans prélèvement du dialysat péritonéal, survenant après l’arrêt de la dialyse péritonéale, de cause non infectieuse ou sans documentation microbiologique ont été exclues.

Les informations sur les péritonites comportaient la date de l’événement et l’identification du germe responsable.

Les informations sur le patient comprenaient : sexe, âge, région de prise en charge, présence d’un diabète, date de début de la dialyse, type de dialyse.

Les proportions d'épisodes correspondant aux variables d'intérêt ont été analysées par le test exact de Fisher ou le test du Chi2 avec un risque alpha fixé à 0,05. Les comparaisons d'âge entre les populations ou de durées de dialyse ont été réalisées avec un test paramétrique one-way ANOVA dont le risque alpha était fixé à 0,05.

Les calculs ont été effectués au moyen du logiciel GraphPad Prism version 10.5.0 (GraphPad Software)

L’analyse de la base de données microbiologique du RDPLF sur une période de 45 ans retrace un pan de l’histoire de la dialyse péritonéale en France. Comme toute base de données, celle-ci est perfectible car l’ensemble des données y est déposé d’une part volontairement, et d’autre part ces dépôts évoluent au cours du temps, avec l’apparition de nouveaux centres et/ou de nouvelles données collectées (données d’incidence, co-morbidités, nouvelles espèces bactériennes, nouvelles définitions cliniques, etc.), rendant leurs analyses complexes. De plus, les données obtenues par l’intermédiaire de ces différents centres de dialyse sont elles-mêmes très difficilement comparables, car l’implémentation de nouvelles techniques, de nouveaux matériels et de nouveaux protocoles se fait inévitablement à des périodes différentes selon ces mêmes centres. Toutes les structures ne travaillent évidemment pas de la même façon à un instant t. Ces difficultés nous ont donc conduit à trois choix assumés : 1. celui de ne prendre que les données françaises et non francophones pour limiter au maximum la variabilité ; 2. Ne pas analyser les données en fonction des différents types de centres de dialyse ; 3. Analyser ces données relativement entre elles et non en valeurs absolues.

Malgré ces choix, les résultats obtenus restent intéressants à discuter. Premièrement et sans surprise, les germes retrouvés responsables de péritonites en dialyse péritonéale en France sur ces 45 années ne sont pas différents de ceux observés dans la littérature ⁶⁷⁸. Ainsi, les germes les plus fréquents sont les staphylocoques, représentés dans plus de 50% des cas d’infections, suivis par les streptocoques et les entérobactéries. La répartition de ces bactéries responsables d’infections n’est pas identique selon la technique de dialyse employée. Ainsi, les germes appartenant à la flore cutanée (SCN et S. aureus majoritairement) étaient surreprésentés chez les patients bénéficiant de DPCA. Les multiples manipulations journalières liées aux cycles de dialyse en DPCA pourraient amener un risque de colonisation plus importante du dialysat par ces germes, par rapport à la DPA, mais cette explication reste à prouver scientifiquement. Les infections liées à S. aureus sont également surreprésentées dans les populations jeunes de moins de 50 ans. Ceci pourrait s’expliquer par un portage de S. aureus plus important dans ces populations par rapport aux populations plus âgées ⁹¹⁰. Pour les populations de plus de 50 ans, les infections à S. aureus tendent à diminuer, faisant place aux infections par des germes d’origine digestive, comme les entérobactéries ou des infections polymicrobiennes. L’origine de ces infections est dite endogène et est corrélée à une incidence plus élevée des pathologies gastrointestinales dans les populations les plus âgées ¹¹. Un autre facteur de risque indépendant a également été décrit dans cette population plus âgée où la durée d’une hypokaliémie augmente fortement la prévalence des péritonites ¹², et notamment celles à entérobactéries ¹³. L’utilisation d’inhibiteurs de pompe à proton, utilisés fréquemment chez ces patients, accroît également le risque de survenue d’une péritonite ¹⁴. Le délai entre la survenue de la péritonite et les bactéries identifiées semble également corrélé. Ainsi, les infections à S. aureus sont d’apparition plus précoce que celles à SCN. Le pouvoir pathogène plus important de S. aureus par rapport aux SCN rendrait la symptomatologie de ces péritonites plus aiguë, et donc de détection plus précoce. Par ailleurs, le portage nasal de S. aureus facilite la contamination manuportée et fait l’objet de recommandations dans certains types de chirurgies ¹⁵.

Au-delà de ces données assez bien documentées dans la littérature, c’est l’évolution des germes retrouvés au cours du temps qui est intéressante. La proportion d’infections à staphylocoques a drastiquement diminué entre les années 1970 et 2010. Si une part de l’explication provient du vieillissement de la population bénéficiant de la dialyse péritonéale comme discuté ci-dessus, l’évolution de la connectologie et l’utilisation de solutions de dialyse davantage biocompatibles sont vraisemblablement à l’origine de cette observation ¹⁶ ainsi que la généralisation de l’utilisation de solutions hydroalcooliques pour la désinfection des mains. Dans le même temps, la proportion des infections liées à des germes d’origine endogène a augmenté, particulièrement dans les populations les plus âgées.

L’apport des nouvelles techniques de microbiologie n’a pas été mis en évidence de façon claire, mais la proportion de péritonites sans germes retrouvés présente une variabilité intercentre importante, due autant aux pratiques du centre lui-même qu’à celles du laboratoire qui y est adossé ¹⁷. Néanmoins, certains genres bactériens détectés comme Chlamydiaceae ou Oscillospiraceae n’ont pu être identifiés que grâce à l’apport de la biologie moléculaire. Les récentes publications utilisant des techniques de séquençage à haut débit sur prélèvement apporteront sûrement leur lot de nouveaux pathogènes identifiables dans les prochaines années, améliorant ainsi les diagnostics et la prise en charge de ces péritonites ¹⁸,¹⁹.

La microbiologie des péritonites en dialyse péritonéale a beaucoup évolué au cours de ces 40 dernières années. Ces changements sont le fruit de multiples facteurs liés d’une part à la population, et d’autre part aux techniques et matériels de dialyse. Nul doute que les prochaines décennies modifieront cette épidémiologie particulière.

Cette étude met en lumière les évolutions majeures de l’épidémiologie microbiologique des péritonites liées à la dialyse péritonéale en France, sur une période couvrant plus de quatre décennies, à partir des données issues de plus de 20 000 patients inclus dans le RDPLF, et ce à la lumière des progrès technologiques récents, a la fois des techniques de dialyse et des techniques d’identification microbiologiques.